我在香港开房、大陆公安系统有记录吗？

这个应该是不会有记录的，因为你没有存在在一个地方。应该是查询不到。处在其他地方的一些记录的。

港澳通行证可以开房嘛

港澳通行证可以开房，入住旅馆业单位有效身份证件：居民身份证、临时居民身份证、驾驶证、居住证、护照、海员证、中华人民共和国往来港澳通行证、因公往来香港澳门特别行政区通行证。

中国人民解放军、中国人民武装警察部队制发的军官证、警官证、文职干部证、士兵证、学员证；港澳居民来往内地通行证；台湾居民来往大陆通行证、中华人民共和国旅行证等。