超过3个月的通话记录会自动删除吗

会。

手机上的通话记录是三个月的时效，三个月会自动删除，但是电信运营商保存的通话记录会保留六个月时间，超过六个月的会自动清除，中国移动、中国联通和中国电信都是如此操作。

为什么苹果手机有些通话记录会消失

可以尝试重启手机解决，可能是手机操作系统出现bug，可以尝试升级操作系统解决。还有一种可能是通话记录被删除，可以通过备份找回。