黑客帝国结局的只是停战啊。人类都没有被解放。整个故事就是主角打败了史密斯然后人类继续生活在母体里吗

是的，这就是电影的结局。

先知随着对人类的研究逐渐理解并拥有了人类的情感，这是与同为程序的架构师最大的不同，先知想要终结机器与人类的战争并因此创造出了尼奥和史密斯。

最终一战尼奥与史密斯融合分解了，架构师也履行对尼奥的承诺允许那1%的人类永久的生存在锡安中，先知的矩阵革命得以实现。最终先知和尼奥共同拯救了人类。